Jaap Eden IJsbanen is georganiseerd in de vorm van een onafhankelijke stichting. Het bestuur van de stichting wordt gevormd door onbezoldigde vrijwilligers, die worden geselecteerd/benaderd op basis van hun deskundigheid op een specifiek vakgebied en hun affiniteit met de schaatssport. Het bestuur heeft de dagelijkse leiding van het bedrijf Jaap Eden IJsbanen gedelegeerd aan de directeur.
Het bestuur van de stichting bestaat uit:
Egbert de Vries (voorzitter en portefeuille algemene zaken)
Rick Angevaare (portefeuille financiën)
Barbara de Loor (portefeuille schaatszaken)
Annemarie Vos (portefeuille organisatie en personele aangelegenheden)
Liesbeth Wesseling (portefeuille bouwzaken).
Directie: Ellis van der Weerden.